<< [Post 14 af 42] >> Direkte link til denne post

Museumsnummer: 156763

Gel-elektroforese apparat m. ekstra dokumentation

Genstanden er i magasin

Tilføj en kommentar   

Billeder
Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.   Billede af recorden.  
Information om genstanden

Museumsnummer

156763

Generelle Oplysninger

Det første apparat brugt til DNA-elektroforese og DNA-sekventering ved Institut for Mikrobiologi i begyndelsen af 1980’erne af seniorstipendiat Arne Lund Jørgensen. Apparatet er konstrueret i Institut for Mikrobiologis værksted, som producerede en række apparater til institutterne i Bartholin-bygningen. Arne Lund Jørgensen lærte metoden, kaldet Sanger-sekventering, af kollegaer på Institut for Molekylær Biologi på det daværende Naturvidenskabelige Fakultet, hvor man havde et lignede apparatur. Denne ”Aarhus-model” er angiveligt inspireret af den model, som Frederick Sanger udviklede i sit laboratorium omkring 1980, hvor han udviklede standard-metoden for gel-elektroforese.

Gelektroforesen kan adskille og sortere DNA-fragmenterne efter længde helt ned til en længdeforskel på en enkelt nukleotid., Ifølge Arne Lund Jørgensen arbejdede Arne Leth Bak også med apparatet: ”Han havde vist 3 stk. Han kørte nogle lange geler. Normalt kunne man jo kun læse 2-300 nukleotider i rækkefølge på kortene. De kørte i par: en kort kørsel på en halv time og en lang kørsel i 3 timer. Ved den korte kørsel, læste man de første trin på trappen, og så er der et overlap til den lange kørsel, som vi så kunne fortsætte og komme yderligere observationer. Jørgensen mener, at de kunne læse 2-300 trin på deres system. Ved ’siloen’ [som kom senere] kunne de læse op til 5-600 basepar.”

Apparatet blev brugt til gel-elektroforese af DNA og DNA-sekventering. Apparatet kunne ikke bruges til Southern Blotting, som krævede en anden type gel bestående af agarose og horisontal elektroforese, dvs. at opstillingen ligger ned.

Den tekniske fremgangsmåde
Selve fremgangsmetoden for dette apparat var lidt anderledes end ved det liggende gel-elektroforese apparat (nr. 156765). Først placerede man ”spacerne” (de blå strimler) imellem to glasplader, yderst ved hver af glassets lange kanter, og en i bunden. Så spændte man glaspladerne fast til hinanden med fire klemmer, hvoraf der sidder to på apparatet i dag. Derefter støbte man en akrylamid-gel mellem de to glasplader. Derefter kunne man lave de såkaldte ”brøndhuller” ved at benytte kammen, som sættes imellem de to glasplader øverst oppe, hvor den ene glasplade har en nedrunding. Kammen sætter man ned i gelen indtil den bliver stiv, hvorefter man tager kammen op og fine huller vil fremtræde i gelen. Derefter sætter man de to sammensatte glasplader i apparatet, med bunden ned i det nederste bufferkar. Derefter tilsættes en væske med en buffer i det nederste kar og øverste kar. Platin-tråden, der er udspændt i både det øverste og nederste, hænger sammen med apparatets sølvgrå stikkontakt, der er fastgjort på apparatets fod.
Derefter tilsætter man sine radioaktive DNA-prøver til gelens huller, øverst oppe imellem glaspladerne. Derefter satte man strøm til apparatet, da DNA-fragmenter har en elektrisk ladning. Dette vil få DNA-fragmenterne til at løbe ned gennem gelen, og da fragmenterne i elektroforesebufferen har negativ ladning løber de mod den positive pol i nederste bufferkar. Jo mindre fragmenterne er, jo hurtigere løber de gennem gelen, mens de store fragmenter bevæger sig langsommere.
Dette første apparat havde ikke indbygget metalplader (som elektroforese-apparater nr. 156760), hvorfor prøveresultatet ”smilte” med dette apparat under gel-elektroforese undersøgelserne, da varmen ikke blev ordentligt fordelt i apparatet. Det forhindrede dog ikke i en aflæsning af prøverne. Det var dog ikke så optimalt, som ved de andre apparater.

Om at præparere gelen ordentligt
Gelen til dette apparat blev støbt imellem de to anvendte glasplader. Den flydende gel skulle langsomt hældt ned imellem pladerne. Der måtte ikke komme luftbobler i gelen, men det kunne meget vel ske. Det hele bestod i at have en ”heldig hånd”, men det var besværligt for gelen var meget tynd. Så hver gang man fik en luftboble, så skulle man lave det om igen. Denne manuelle metode var den oprindelige. Skubbemekanismen (apparat 156762) kom først senere.

Om restriktionsenzymer
Hvis en bakteries indre system bliver angrebet, f.eks. af en bakterie-virus, en såkaldt bakteriofag, så har bakterien en hel hær af restriktionsenzymer, der skal forhindre at bakterien bliver destrueret af dette fremmede DNA. Restriktionsenzymerne har den egenskab, at de kan genkende en ganske bestemt DNA-sekvens, som ikke eksisterer i bakteriens genom. Når enzymerne genkender en DNA-sekvens i den fremmede organisme, angriber de den ved at klippe den i stykker. Derved undgår bakterien i at gå til grunde. Disse restriktionsenzymer blev bl.a. brugt til 1) kloning af DNA, 2) karakterisering af DNA og 3) diagnostik af f.eks. arvelige blødersygdom. Når man tilsætter sådan et enzym til et isoleret DNA fra en blodprøve, så vil bakterieenzymet klippe i det, hvis det er en DNA-sekvens enzymet genkender. I diagnostiske undersøgelser, som de arbejdede med på Institut for Human Genetik, brugte man disse enzymer til at klippe DNA’et i mindre fragmenter, så man kunne undersøge om en patient havde et sygdomsgen. Hvis ikke, vil DNA’et afbildes som et langt fragment, fordi det ikke blev klippet af enzymet.
Kilde/Informant(er)
Steffen Junker den 27. februar 2017
Svend Birkelund den 17. marts 2017
Arne Lund Jørgensen den 5. april 2017

Sagsnummer


509 Aarhus Universitet, Institut for Human Genetik

Emnegrupper


4300 Cellebiologi
4310 Genteknologi
4600 Laboratorieudstyr
10130 Naturvidenskab og sundhedsvidenskab på universiteter og højere læreanstalter

Størrelse

25 x 51 cm.

Beskrivelse

Klart plexiglas med en metalanordning (grå) fastmonteret. Samt to store “papirclips” på hver side.

Datering

1980 - 1980